Δειγματοληψία μπορεί να πραγματοποιηθεί από τον ενδιαφερόμενο ή από το εργαστήριο, πάντα όμως μετά από επικοινωνία ώστε να γίνει με τον πλέον ενδεδειγμένο τρόπο, να επιλεγούν οι απαραίτητες αναλύσεις και να πραγματοποιηθούν με την κατάλληλη μέθοδο προκειμένου να καταλήξει σε ασφαλές συμπέρασμα.
Για μικροβιολογικές αναλύσεις που αφορούν ευαίσθητα δείγματα όπως νερό ή τρόφιμα, πολύ κρίσιμος παράγοντας είναι ο χρόνος έναρξης των αναλύσεων (λίγες ώρες από τη δειγματοληψία).
